Berdirinya MTs Negeri 1 Klaten tidak terlepas dari PGA Klaten, dimana MTs Negeri 1 Klaten bagian dari PGA yaitu PGAP, karena tuntutan dari Pemerintah dan umat, maka berdasarkan KMA Nomor : 016 tanggal 16 Maret Tahun 1978 PGAP berubah nama menjadi MTs Negeri Klaten yang pengelolaanya terlepas dari PGA. Pada tahun 1979 MTs Negeri Klaten harus mencari lokasi baru untuk pendirian bangunan baru, dan melakukan pembelian tanah di Jalan Ki Ageng Gribig, Desa Gergunung, Kecamatan Klaten Utara.

Di dalam perkembangannya MTs Negeri 1 Klaten semakin lama semakin berkembang mengharuskan kami untuk menambah luas tanah dan bangunan. Sehingga pada tahun 1983, kami melakukan pembelian tanah lagi seluas 1800 M², hingga saat ini kami memiliki tanah seluas 6030 M². Untuk memenuhi tuntutan animo masyarakat yang ingin bersekolah atau menyekolahkan putra putrinya di MTs Negeri 1 Klaten yang sangat tinggi.
Selain membangun dengan BP-3, MTs Negeri 1 Klaten juga pernah mendapat Proyek dari Pemerintah melalui Departemen Agama RI, yaitu pada Tahun Anggaran 1982/1983, 1983/1984, 1997/1998, 2001/2002 dan 2006/2007 yang setiap Tahun Anggarannya selalu meningkat. Jumlah keseluruhan lokal yang ada sampai saat ini berjumlah 24 Ruang Kegiatan Belajar, 1 Ruang Kepala, 1 Ruang Guru, 1 Ruang BP/BK, 1 Ruang Komputer yang dilengkapi Internet, 1 Ruang Perpustakaan, 1 Ruang Laborat dan 1 Ruang Lab Bahasa (Multi Media), Aula, Sebuah Masjid, Lapangan Basket.